İmam Şafii'nin kurduğu bu düzen maalesef uzun süre devam edemedi. Menfaatlerine dokunulmuş bazı insanlar siyasi durumun bu tür ithamlara tanıdığı fırsattan yararlanarak, İmam Şafii'yi Bağdat yönetimine jurnal ettiler. Bu hareketin sebebi de yukarda ifade ettiğimiz gibi İmam Şafii'nin haksızca bazı isteklere cevap vermemesi ve yapılan zulümleri önlemekteki kararlı davranışlarıydı.

Abbasi yönetiminin Ali oğullarına karşı takındığı siyasi durum nazarı itibare İmam Şafii Alioğullarına taraf olmakla suçlandı.

Alevilikle suçlanan İmam Şafii kısa bir müddet sonra Bağdat'a celbedildi. Zamanın halifesi Harun Reşid, Necran'da baş gösteren bir ayaklanmanın zanlısı olarak karşısına çıkarılan İmam Şafii hakkında hemen karara varmamak ferasetini gösterdi. Fevri bir kararla bu mümtaz şahsiyetin görevini ifa edemeden ayrılması pekala mümkündü. Ancak takdiri ilahi İmam Şafii'nin böyle bir durumla karşı karşıya kalmasını dilemedi. Alevilik ve Rafizilik ithamıyla karşı karşıya bulunan İmam Şafii kendisine isnad edilen bu suça rağmen, Ali oğullarına karşı beslediği muhabbetten vazgeçecek değildi. Hatta bu muhabbetini bir şiirinde şu şekilde ifade ediyor: "Eğer Muhammed'in Âli Beyt'ini sevmem rafizilikse/İns ve cin şahit olsun ki, ben rafiziyim.

Tarihçilerin ifadesine göre eli kelepçeli olarak hicri 184 yılında Halifenin huzuruna getirilen 34 yaşındaki İmam Şafii, kendisi gibi İmam Malik'in yanında ilim tahsil eden ve İmam Azam'ın en önde gelen iki talebesinden birisi olan İmam Muhammed'in şehadetiyle katledilmekten kurtulmuştur.

O sırada Bağdat kadısı olan İmam Muhammed'in, İmam Şafii hakkında serdettiği şehadetin Halife Harun Reşid nezdinde itibar gördüğü muhakkaktır. Bu şehadetin ayrıca iki ilim adamı arasında yararlı münasebetin başlamasına vesile de olduğu akıldan çıkarılmamalıdır.

İlim adamlarının kendi aralarında kurmaları gereken münasebete çok iyi bir misal olan bu hadise bugün maalesef tahakkuk imkanı bulmaktan uzak gözükmektedir.