Risale-i Nur'un teksir makinesiyle intişarı ve Anadolu'da Nurların gittikçe inkişafı karşısında bu imanî hizmeti durdurmak maksadıyla harekete geçen gizli dinsiz komiteler, hükûmete evham verdirerek, aleyhte tahrikât yapıyorlar. Emirdağ, Isparta, Kastamonu, Konya, İnebolu, Safranbolu, Aydın gibi daha birçok vilayet, kasaba ve köylerdeki Nurcuların evlerinin aranmasına emir veriliyor. Nihayet 1947 senesinin son ayında Üstad Said Nursî ve onbeş kadar Nur talebesi Emirdağ'dan alınarak Afyon'a getirilir ve sorgularını müteakib tevkif ediliyorlar. Ve diğer vilayetlerdeki Nur talebeleri de tevkif edilerek, Afyon'a celbediliyor. Böylece Üçüncü Medrese-i Yusufiye hayatı başlıyor.

Bedîüzzaman'ın Afyon Mahkemesi

Bedîüzzaman, her girdiği hapisteki mahpusları irşad eder; hapisteki bazı câniler, koyun gibi bir hal alır. Hapiste dahi tecrid-i mutlak içinde bırakıldığı halde, hapishane bir Nur mektebi vaziyetine girer. Bunun için, girdiği hapishanelere "Medrese-i Yusufiye" der. Hattâ Denizli Hapishanesinde bir kısım gençler, Medrese-i Yusufiye'den ayrılmak istemeyerek, "Bedîüzzaman daha burada kalırsa, biz kendimizi suçlu gösterip ceza alacağız, ondan ayrılmayacağız, Risale-i Nur'dan ders alacağız... " demişlerdir.

Denizli Hapsinde "Meyve Risalesi" isimli eser te'lif edildikten sonra, hapishanede tesirli bir ıslahat müşahede ediliyor... Bu vaziyet, düşmanları dahi takdire sevkediyor.

Risale-i Nur'un mahiyetini dikkat ve tefekkürle okuyarak anlayıp tahkikî bir imana sahib olan hâlis Nur talebeleri; ölümden, hapisten, zindandan ve hiçbir beşerî eza ve cefadan korkmazlar. Mukaddes Kur'an ve iman hizmetiyle, vatan ve millet ve âlem-i İslâm ve beşeriyetin ebedî kurtuluşuna çalışırken, dinsizlerin dûçar ettiği bir zulüm ve musibetle karşılaşırlarsa, aslâ fütur ve ümidsizliğe düşmezler; hapislere iftihar ve memnuniyetle girerler. Onların tek bir istinad noktaları vardır. O da, sırf rıza-yı İlahî için, ihlasla, Kur'an ve imana hizmetleridir. Masum ve mazlumların muhafızı Cenab-ı Hak'tır. Hiçbir maniaya ehemmiyet vermeyerek, Risale-i Nur'u okumağa ve neşretmeğe, kahraman üstadları misillü feragatla çalışırlar. Bunun içindir ki, yirmibeş senelik müdhiş bir istibdad-ı mutlak içinde Nurlara çalışan Nur talebeleri, iman ve İslâmiyet